Era il giorno 29 del mese di giugno del 1545, quando il Senato della Repubblica di Venezia deliberava la creazione di “un luogo idoneo nel qual si possa comodamente piantar, disponer et conservar li semplici acciò che con il senso et con la investigazione, si possa perfettamente et con facilità acquistar tale scientia”, come si legge nel Decreto di fondazione dell'Orto botanico . Atto conclusivo questo di un lungo parlamentare che in Venezia durava da almeno un anno e rispondeva a pregresse sollecitudini di Francesco Bonafede (1474-1528), lettore dei ‘semplici’, ovvero del docente che illustrava i caratteri e le virtù delle piante medicinali.
Non che fossero mancati in passato altri giardini universitari, ma a uso degli speziali, come in Praga e Colonia e altri ancora in Amburgo e forse Tubinga, ma quello di Padova era un nuovo tipo di horto medicinale, nel quale senso e investigazione potevano applicarsi allo studio dei vegetali similmente, ma altri dicono a conseguenza o sviluppo, di quanto si andava facendo nelle osservazioni e dissezioni del corpo umano e primariamente con l’anatomico Andrea Vesalio.
Sul terreno da secoli appartenuto alla congregazione benedettina di Santa Giustina, luogo “circondato dalle acque e attissimo a questo servitio”, Daniele Barbaro (1514-1570), Pietro da Noale e Andrea Moroni con cognizioni di umanità, arte, medicina e architettura progettarono questo nuovo giardino: prima di tutto vennero organizzati gli spazi per avviare la didattica (1545-1548 ca.), quindi venne edificata la cinta circolare per proteggere le rarità vegetali qui contenute che erano state oggetto di numerosi furti notturni, e infine venne sistemato l’edificio assegnato al prefetto. Questa conformazione, con la suddivisone degli spalti in quarti entro il muro circolare è visibile in quella sorta di manuale d’uso per studenti scritto da Giacomo Antonio Cortusi (1513?-1603) e intitolato L’horto de i semplici di Padoua , stampato in Venezia nel 1591 presso Girolamo Porro.
Medico, professore di botanica e viaggiatore, oltre che collezionista, Giovanni Marsili fu prefetto dell’Orto botanico e formò una prestigiosa biblioteca di 2500 volumi, nucleo iniziale di quella oggi posseduta dall’Università di Padova.
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Una nuova serra, formata da tre grandi locali separati da altri di dimensione modesta, venne costruita verso il lato orientale della casa del prefetto, su disegno di Antonio Noale, grazie alla sollecitudine Giuseppe Bonato (1753-1836), successore del Marsili.
Grazie a Roberto de Visiani (1800-1878) l’Orto botanico assunse sostanzialmente la conformazione attuale per la parte antica: venne edificato il teatro botanico per le lezioni degli studenti, e ancora nuove serre per moltiplicare le piante, venne creato un nuovo boschetto e ancora nuove statue, e una serra ottagonale per la grande Araucaria.
Nella collezione dell’ Iconoteca degli orti botanici abbiamo un riscontro anche dei lavori eseguiti nel corso dei primi decenni del secolo scorso: il restauro della serra della palma di Goethe nel 1922, il restauro e la sostituzione di alcuni vetri nelle vecchie serre e ancora, negli anni Trenta, numerosi lavori nei luoghi per la conservazione degli erbari e nella biblioteca, nelle serre, nei laboratori, fino alla ricostruzione in cemento armato della serra della palma di Goethe.