Il percorso museale aperto al pubblico nel 2023 presenta solo una selezione dell’ingente patrimonio storico e botanico conservato a Padova. Al primo piano dell’edificio che ospita il Museo, aperto su appuntamento, è conservato l’erbario storico dell’Università di Padova: circa 700.000 campioni essiccati tra piante, funghi, alghe, licheni e galle. Fondato nel 1835 grazie alla donazione del prefetto Giuseppe Antonio Bonato, si è arricchito nel corso del tempo con numerose donazioni e acquisizioni. Negli anni Trenta del Novecento le piante superiori e le felci, ad eccezione della “Flora Dalmatica” di Roberto De Visiani, sono state suddivise in due gruppi su base geografica: l’Erbario delle Venezie con esemplari che provengono da Veneto, Trentino, Friuli Venezia Giulia e l’area istriana; e l’Erbario generale con materiali provenienti da altre regioni italiane e da altri continenti. Tra le altre importanti collezioni d’erbario, si trovano quella di funghi di Pier Andrea Saccardo, con numerosi tipi, quella di alghe da tutto il mondo di Achille Forti, la collezione di galle di Alessandro Trotter e collezioni particolari, come il cosiddetto “Erbario di guerra” di Bruno Giordano Ugolini. 

Il Museo conserva anche una ricca raccolta di vetrini di diatomee, una spermoteca e una carpoteca, una xiloteca e collezioni didattiche otto-novecentesche di tavole parietali e modelli di funghi.

Sono in corso numerosi progetti di studio e valorizzazione delle collezioni, tra cui la digitalizzazione di tutte le collezioni d’erbario.