Nel 2023, contestualmente all’apertura del Museo botanico e alla ricollocazione dell’Erbario storico, i locali della biblioteca dell’Orto botanico sono stati rinnovati e dotati di spazi multimediali ed espositivi. Inoltre, alla biblioteca botanica Giovanni Marsili è stato aggiunto il pregevole patrimonio della biblioteca medica Vincenzo Pinali.

La biblioteca dell’Orto nacque nel 1835, grazie al prefetto Giuseppe Antonio Bonato (1753-1836), medico, professore di botanica, esperto bibliofilo, che acquistò nel 1795 la ricca biblioteca del predecessore, Giovanni Marsili (1727-1795) incrementandola e donandola poi all’Università. In precedenza, i prefetti avevano invece nella loro abitazione delle biblioteche personali.
Nell’Ottocento i prefetti Roberto de Visiani (1800-1878) e Pier Andrea Saccardo (1845-1920) arricchirono ulteriormente la raccolta; una delle maggiori collezioni di ritratti di botanici e naturalisti venne allestita dal prefetto Saccardo.
Tra il 1921 e il 1947 il materiale librario estraneo alla botanica, venne donato alla Biblioteca Universitaria di Padova e alla biblioteca di Farmacologia dell’Ateneo.

La biblioteca storica di materia medica si deve invece all’impegno di Vincenzo Pinali (1802-1875), docente di clinica medica. Alla sua morte egli lasciò gran parte del proprio cospicuo patrimonio librario all’Università di Padova affinché fosse istituita una biblioteca medica. In seguito, si aggiunsero altre donazioni librarie di materia medica.

La biblioteca dell’Orto botanico, visitabile su appuntamento, ha sede al primo piano dell’edificio che fu abitazione del prefetto dalla fondazione dell’Orto botanico al 1970.