Il Museo botanico conserva la “Spermoteca Italica”, formata da circa 16.000 provette con semi e frutti di piccole dimensioni, per la maggior parte di 7 cm per un diametro di 1,5 cm, cui se ne aggiunge una minoranza di 8 x 0,9 cm. La collezione non contiene informazioni su località e data di raccolta, ma si sa che i reperti derivano dagli scambi in uso tra i vari giardini e orti botanici italiani e forse europei. I semi presenti appartengono sia a specie coltivate ad uso ornamentale e alimentare sia a specie che crescono spontanee sul territorio nazionale.

E’ presente anche una raccolta didattica di semi composta da Raffaello Sernagiotto, comprendente sia specie infestanti che coltivate in Italia, tutte risalenti al periodo che va tra la fine dell’Ottocento e i primi anni del Novecento. Di questa sono presenti tre versioni: la prima è organizzata in dieci scatole di 22x16x2 cm apribili come dei veri e propri quaderni, costruite in cartone grosso, telato, di colore rosso; la seconda è organizzata in scatole quadrate di cartone verde scuro di 27x27x10 cm; la terza variante è composta da diciotto scatole di forma allungata (dimensioni di 50x15x15 cm di profondità) sul cui fronte è presente un’etichetta che riporta il binomio latino della prima e dell’ultima specie contenuta in ciascuna scatola.

Oltre a questo sono presenti trenta scatoloni in cartone colorato contenenti frutti esotici e non, alcuni sconosciuti al vasto pubblico, come il “vaso delle scimmie” brasiliano Lecythis pisonis.