Il legno, con il suo aspetto e colore, può essere di grande aiuto nel riconoscimento di una specie arborea o arbustiva quando è priva di foglie. Sezioni del tronco o dei rami, trasversali o longitudinali, con la corteccia che li avvolge, sono di primaria importanza anche oggi per gli studenti di scienze forestali, oltre che per tutti quegli artigiani che vogliono approfondire il colore, la durezza, la densità del materiale che utilizzeranno per le loro opere.

La collezione presente in Museo è composta da oltre 400 sezioni di piante europee ed esotiche, con preferenza per le specie utilizzate nei giardini o per alberare i viali cittadini. Non si tratta di una collezione storica ma di un insieme di sezioni che, per essere utilizzate, devono essere toccate, tagliate, pesate. Sempre legata ai legni è la collezione ideata da Adriano Fiori (1865-1950), che venne battezzata “Xilotomoteca”. Pensata per affiancare i campioni d’erbario della “Flora Italica Exsiccata”, è costituita dalle sezioni trasversali e longitudinali con spessore inferiore al millimetro, che Fiori realizzò tra il 1905 e il 1927 grazie a un microtomo da lui progettato.

La collezione, di 215 campioni, è completa ed è presente in Museo nella versione originale, in cui le sezioni sono inserite in bustine azzurre o color crema. Nel corso degli anni Fiori fu affiancato da altri botanici quali Augusto Béguinot (1875-1940) e Renato Pampanini (1875-1949).